Nach meiner Erfahrung müssen die Bindebogen aus capscan immer nachbearbeitet werden. Dazu markiere ich die Partitur mit Strg+A und wähle im Menü Zeichnen "An Noten anpassen".
Bereits manuell bearbeitet Bindebogen erhalten das Attribut "Nicht automatisch an Notenlage anpassen" und werden mit dem obigen Befehl nicht angerührt. Diese Attribut lässt sich manuell wieder löschen oder global mit dem Plugin "Der Radiergummi".