... scheint ein Super-GAU zu sein.
Verschwundene Bindestriche in den Lyrics, Haltebögen, die sich über Taktstriche hinweg einfach nicht mehr setzen lassen, Atemzeichen, die am Zeilenende außerhalb des Seitenrandes rutschen...

Die Liste ließe sich noch verlängern.

Keine Ahnung, warum dieses sonst so gute Programm plötzlich einen solchen Rückschlag erfahren musste.

Ich hab es gerade heruntergeladen und etwas ausprobiert. Haltebögen werden nur noch gesetzt, wenn beide Noten auf der gleichen Tonhöhe sind. Ansonsten treten die von Dir genannten Probleme hier (Windows 11 mit Version 4.6.2.252830930) nicht auf.

Es ist interessant.
Wollte gerade einen Teil der Partitur herausschneiden und sie hier zum Selberprobieren anhängen - da waren die Probleme mit Bindestrich und Haltebogen verschwunden. Offenbar - Gott allein weiß, wie - wurden sie von zwei Voltenklammern verursacht, die ein paar Takte davor standen. Nachdem ich die Voltenklammern gelöscht hatte, funktionierte auch alles andere wieder - allerdings stürzte mir MuseScore ab.

Irgendwas ist halt immer ...

Ich musste vor kurzem eine etwa 20 Jahre alte Sibelius-Datei bearbeiten, das war auch lustig.